Возрождение монастыря
В 1991 году Сестринством во имя Милостивой иконы Божией Матери при Ильинском храме были начаты труды по возрождению монастыря. В 1993 г. был совершена первая Божественная Литургия в Надвратном храме обители. Затеплилась монастырская лампада – то было началом новой жизни. В 1995 г, Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и решением Священного Синода от 5 мая древнейшая московская женская обитель вновь получила статус монастыря. Через несколько лет пришло время возвращения главной монастырской святыни. 25 ноября 1999 года, в день своего празднования, чудотворный образ Пресвятой Богородицы «Милостивая» торжественным крестным ходом был перенесен из Обыденского храма в Зачатьевскую обитель.
Два года спустя произошло великое событие — 16 мая 2001 г. состоялось прославление прпп. игумении Иулиании и монахини Евпраксии в лике местночтимых святых. Божественную Литургию возглавил Святейший Патриарх Алексий II.
В ноябре 2002 г. было разобрано здание, стоявшее на месте Собора, и с весны 2003 г. начали производиться археологические изыскания, оказавшиеся удивительно плодотворными. Были открыты останки фундаментов и архитектурные фрагменты всех четырех соборных храмов.
25 ноября 2005 г., в день празднования «Милостивой» иконы Божией Матери, Святейший Патриарх Алексий II совершил закладку камня в основание Собора Рождества Пресвятой Богородицы и благословил работы по воссозданию соборного храма.
С каждым годом облик обители преображался. В этом чудном изменении явственно было небесное предстательство преподобных основательниц. Благодаря множеству случаев благодатной помощи и исцелений, в июне 2008 г. на Архиерейском Соборе было принято решение об общецерковном почитании преподобных Иулиании и Евпраксии Московских.
25 ноября 2010 г., в год 650-летнего юбилея Зачатьевского монастыря, состоялось историческое событие – великое освящение воссозданного монастырского Собора и первая Божественная Литургия, которые возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
Ныне в Зачатьевской женской обители продолжаются труды по возрождению монастыря. Совершаются богослужения в воссозданном Соборе, старинном Надвратном храме, в храме Сошествия Святого Духа и в храме Зачатия св.прав. Анны в Новом трапезном корпусе. Ежедневно возносятся моления к основательницам обители, преподобным Иулиании и Евпраксии, многие прибегают к помощи Матушек и получают облегчение в различных недугах, освящая вещи на гробнице. По четвергам в обители совершается параклис пред чудотворным образом Богоматери «Милостивая». Один-два раза в месяц по воскресным дня за вечерним богослужением совершается пение акафиста свв.правв. Иоакиму и Анне с чтением молитвы о даровании чад. Многие безчадные супруги с надеждой обращаются к небесным покровителям обители и по вере получают просимое, воздавая славу и благодарение Богу за долгожданное дитя.
Воскресная школа на монастырском подворье в подмосковном с.Барвиха
В подмосковном с.Барвиха расположено монастырское подворье, где восстановлен деревянный храм Покрова Пресвятой Богородицы, регулярно совершаются богослужения, действует воскресная школа для детей и взрослых.
По понедельникам и пятницам доступ паломников в монастырь ограничен. Экскурсии не проводятся.